与发达国家相比，国内医院信息化工作仍有不小差距，主要表现在应用范围、应用质量和标准化三方面。医院信息系统从功能上可以划分为管理信息系统和临床信息系统。近几年，国内医院的信息化发展比较快，大部分大型医院建立了规模不等的集成化的信息系统。实现了收费、药品物资、病人流动、医嘱等以管理信息系统为主的计算机管理，少数信息化发展快的医院实现了医生工作站、检验等临床计算机应用。在中小医院，信息化还远未普及。

    在应用范围上，发达国家的医院已完成了管理信息系统的阶段，正在朝着临床信息系统方向普及和深入。如检验信息系统、监护信息系统、床旁移动工作站、 PACS 系统等。医学知识库建设正在发展，如药品知识库、各类疾病的临床指导等。国内医院目前还处于管理信息系统的建设和普及阶段，临床信息系统建设只在少数医院刚刚起步。

    在应用质量上，与国外相比也有较大差距。国外医院的信息系统与管理和业务流程结合得比较好。系统为特定的管理目标而建设，人、环境与计算机化的流程融为一体，自然、协调，应用质量高。国内医院的信息化往往只注重计算机系统的建设，忽视流程、环境、管理、制度的相互配合，导致整体效率不高。这种差距实质上是信息化认识上和管理上的差距。

    在标准化方面，与国外差距更大。信息标准化是信息交换的需要。国外医院的信息系统很多是多厂商系统，这些系统之间以及与医疗设备厂商之间的集成需求刺激了信息标准的发展。如 HL7 、 DICOM 、 ASTM 等。国内医院的信息系统多为单一厂商系统，发展还不够深入，很少有采用标准接口的系统。在采用和制定标准方面，既缺乏权威，又缺乏协作。这将阻碍医院信息化向专业化、集成化方向发展。